Die Struktur der elektronischen Edition folgt der Einteilung des Werks in neun Bücher. Innerhalb der einzelnen Bücher folgen die Texte der neuzeitlichen Unterteilung in 1000 Paragraphen. Diese Struktur wird von dem auf der linken Seite befindlichen Datenbaum abgebildet. Die Texte lassen sich demzufolge paragraphenweise durchblättern, während die Handschrift sich unabhängig davon seitenweise durchblättern lässt.
Die einzelnen Texte befinden sich in der oberen Hälfte des Bildschirmes und sind mit Hilfe von synoptisch angeordneten Reitern (Martianus, Glossen, Remigius, Eriugena) beliebig kombinierbar. Die Schaltflächen lassen sich nach Bedarf auswählen und durch die jeweils am Rand der Navigationsleisten angebrachten Pfeile auch ganz ausblenden.
Die Bilder der Handschrift in der unteren Hälfte sind mit den oben befindlichen Glossen, sowie mit dem Martianus-Text verlinkt. Durch Klicken auf eine Glosse im Bild kann somit an die entsprechende Stelle im Text oder den Glossen navigiert werden bzw. auch umgekehrt.
Die Zuordnung der Glossen zu den Kommentaren von Johannes Scottus Eriugena und Remigius von Auxerre nach der Edition von Cora Lutz geschah durch die Nummerierung der Seiten und Zeilenzahlen der Edition des Martianus-Textes von Adolf Dick. Diese Dicknummern finden sich jeweils vor den Glossen. Erscheint diese Zählung zweimal untereinander, handelt es sich dabei in der Regel um Interlinear- und Marginalglossen, die ein und demselben Lemma zugeordnet sind. Textkritische Anmerkungen zu den Glossen finden sich bei den farblich grün hinterlegten Glossen in Tooltips, welche beim Darüberfahren mit der Maus zum Vorschein kommen.
